Работа с avrdude из командной строки.

Чтение из МК: 

avrdude -c usbasp -p atmega8 -U flash:r:main.hex:i

где
-c usbasp   название программатора(программатор должен поддерживаться avrdude)
-p atmega8   название микроконтроллера
- flash   что именно шьется (в занном случае сегмент кода, может быть также eeprom, fuse, остальное см мануал)
-r   собственно, чтение
-i   вид данных, я так понял. Поставил интел, вроде норм.

Запись в МК: 

avrdude -c usbasp -p atmega8 -U flash:w:main.hex

 Все то же самое, только меняется r на w и удаляется последний аргумент i вместе с двоеточием